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   45. On ne peut pas vivre bien sans microbes

début septembre 2017
J'ai lu cet été avec grand intérêt l'excellent livre du biologiste Marc-André Selosse, "Jamais seul" (Actes Sud) écrit pour mieux faire connaître et réhabiliter le monde des microbes.

Il y a depuis quelque temps un retour d'intérêt évident pour les micro-organismes, jusqu'ici délaissés du grand public car innombrables et invisibles. On peut penser à l'étonnant succès en librairie l'an dernier du livre de Giulia Enders sur l'intestin qui entre autres soulignait l'importance du microbiote (*), et à celui plus récent du livre de Peter Wohlleben sur la complexité des écosystèmes forestiers et le rôle essentiel des mycorhizes (**). Ce champ d'études a bénéficié depuis quelques années de nouvelles techniques d'analyses génétiques (ce qu'on appelle la méta-génomique) qui permettent, sans avoir à entrer dans des observations de détail en laboratoire, de connaître la composition d'une population microbienne, et  aussi de méthodes de traçage chimique permettant de suivre plus précisément les échanges métaboliques.

Ainsi on comprend mieux aujourd'hui comment le monde microbien s'organise à son échelle en écosystèmes complexes et comment ces écosystèmes participent de façon déterminante à la vie des organismes de grande taille que sont les animaux et les végétaux. On comprend aussi à quel point est simpliste la vision initiée par Pasteur, voyant les microbes principalement comme vecteurs de maladie, vision qui pousse à une conception de l'hygiène par l'éradication des microbes. En réalité, en étant des animaux, nous avons au fil de l'évolution apprivoisé à notre insu ce monde microscopique qui est donc probablement plus amical et favorable qu'hostile et néfaste.

Les biologistes observent l'omniprésence des symbioses dans de nombreux phénomènes de la vie, et si les microbes sont les partenaires les plus fréquents de ces symbioses, cela vient de leur petitesse, de leur grande variété et de leur omniprésence car les microbes ont une grande capacité à coloniser toutes sortes de milieux. Les bactéries sont largement plus anciennes dans le monde vivant que les eucaryotes (***) et donc que les plantes ou les animaux, qui ont émergé dans des milieux déjà façonnés par les microbes.

Et si les plantes et les animaux sont parfois victimes d'envahissements microbiens qui ruinent leur santé, ils vivent aussi dans une symbiose permanente avec une multitude de microbes "amicaux" et "serviables" qui ont un rôle majeur dans leur métabolisme nutritif et leur système immunitaire. Pour ne prendre que ces deux exemples fondamentaux, sans leur mycorhize, la plupart des plantes seraient incapables d'extraire les nutriments du sol, et sans la fermentation microbienne, la digestion des animaux ne fonctionnerait plus.

Les microbes prédigèrent la nourriture, ils occupent le terrain, colonisent les cavités et la surface des gros organismes, vivant avec eux en symbiose, échangeant des nutriments, neutralisant certaines toxicités, leur apprenant à ajuster leur défenses ou les protégeant des infections néfastes, etc... Ces microbes symbiotiques (surtout ceux qui sont transmis d'une génération à l'autre de façon héréditaire) ont coévolué avec les organismes qui les hébergent, devenant plus spécialisés et "efficaces" dans leurs "services", mais aussi moins autonomes dans leur capacité à une vie autonome.

L'évolution par la symbiose est du reste un mode d'évolution qui permet à un organisme d'acquérir à peu de frais des capacités complexes "mises au point" par des micro-organismes déjà existants: C'est le cas des mitochondries, des chloroplastes, et d'autres endosymbiotes divers (****). Pour Marc André Selosse, on est conduit à réfléchir à ce qui fait partie de l'individu, ou à ce qu'est une espèce, et à se demander s'il ne serait pas plus judicieux d'adjoindre à l'animal son microbiote interne et même externe.

Mais la réhabilitation des microbes ne concerne pas que l'organisme des individus, elle touche aussi aux sociétés et à leurs cultures:

En effet, dans leur évolution culturelle, les hommes ont appris le recours aux services des microbes, notamment lors de la transition néolithique pour s'adapter à de nouveaux régimes ou pour conserver ou désinfecter des aliments. Ils ont ainsi (sans le savoir) domestiqué certains microbes: les bières, les vins, les fromages, les préparations fermentées de légumes de lait ou de viandes sont apparues tôt et dans des civilisations diverses. Ces pratiques sont constitutives des cultures. On notera au passage que l'énergie abondante, en rendant possibles les transports rapides, la stérilisation à haute température et la conservation par le froid (*****), est un facteur important de l'uniformisation culturelle et de l'oubli de ces pratiques, qui sont pourtant riches de possibilités dans le contexte d'une transition écologique soucieuse de relocaliser les circuits alimentaires et de gérer à faible énergie la conservation des denrées. Souvenons-nous que les transports et l'énergie du froid font partie des gros postes de consommation d'énergie.

Une certaine agriculture commence à comprendre qu'il est vain de vouloir cultiver des sols sans vie microscopique, et fait de plus en plus la preuve qu'il est possible de produire la nourriture en quantité suffisante sans avoir à tuer les sols ni à nourrir les plantes de chimie industrielle. Les rendements mirobolants de l'agriculture productiviste (scandaleusement qualifiée de "conventionnelle") ne sont pas durables: ils ne durent pas car la mort des sols conduit à une escalade technique dévorante en énergie et en ressources.

Parallèlement en matière de santé, la conception pastorienne de la microbiologie a donné au monde des microbes une image hostile et a poussé les cultures modernes à un hygiénisme probablement abusif en bien des points. Par exemple, on fait de plus en plus le lien entre la bonne santé et l'existence d'un microbiote (interne et externe) équilibré et stable. Pour éviter les maladies infectieuses, la suppression de tous les microbes est une fausse bonne idée. Il semble le plus souvent préférable que la microbiodiversité ambiante neutralise le développement excessif des pathogènes, par des effets de concurrence, en occupant le terrain, en éduquant les réactions de défense. S'il faut certes penser à réduire les occasions de contagion dangereuse que la vie contemporaine a multipliées, il faut aussi ne pas craindre de cultiver une saleté propre, et apprendre à jardiner son environnement microbien (interne et externe). Cette voie plus subtile devrait être un enjeu majeur de bonne santé.

"Jamais seul" de Marc-André Selosse est un livre riche en connaissances, bien hiérarchisé et très lisible. Il embrasse et rapproche des domaines variés (écologie, santé, cultures alimentaires). En nous montrant la complexité et la richesse des circuits du monde microbien, il change notre regard sur le monde vivant et dénonce la vision trop mécanique qui conduit à le traiter selon des pratiques simplistes mais destructrices et contreproductives (hygiène, agriculture engraissée et bombardée aux pesticides). C'est une incitation à plus de subtilité dans la conduite du vivant, au respect (pour notre bien et celui de l'environnement) de ce foisonnement invisible des microbes qui sont un constituant essentiel dans les cycles de la nature.

(*) Giulia Enders, Le charme discret de l'intestin (Actes Sud) le microbiote est l'écosystème microbien qui colonise l'intestin. (retour)
(**) Peter Wohlleben, La vie secrète des arbres (Les Arènes) Les mycorhizes sont les des structures de champignons microscopiques assurant une liaison essentielle entre les racines d'une plante et le sol. (retour)
(***) Les Eucaryotes correspondent à la branche des êtres vivants qui ont des cellules plus complexes: chromosomes regroupés dans un noyau, organites tels que les mitochondries et les chloroplastes. Ils peuvent être monocellulaires (protistes) ou polycellulaires plus ou moins complexes et hiérarchisés (plantes, animaux, champignons).(retour)
(****) Dans une cellule, les mitochondries sont responsables du métabolisme énergétique et les chloroplastes assurent la photosynthèse dans les cellules des végétaux. Depuis quelques décennies, la plupart des biologistes sont d'accord pour considérer que les mitochondries ou les  chloroplastes des eucaryotes sont en fait des bactéries vivant en symbiose interne avec les cellules qu'elles approvisionnent en énergie ou en matière organique. (retour)
(*****) les transports et les équipements réfrigérants sont parmi les gros consommateurs d'énergie. Par comparaison, les processus de fermentation (contrôlés) assurent à relativement faible énergie la conservation des denrées. (retour)

Antoine Li               http://www.think-thimble.fr
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